יועצי הבטיחות של משרד החינוך מבצעים מבדקי בטיחות מדגמיים מעת לעת במוסדות החינוך, כדי לבדוק את רמת ניהול הבטיחות ואת התחייבות הבעלות לפעולות המתקנות. המבדקים מבוצעים פעם בחמש שנים בכל מוסד לכל הפחות, ועל פי שיקול הדעת של המשרד. יועץ הבטיחות העורך את המבדק רשאי להיכנס למוסד בכל עת, בהתאם לחוק פיקוח על בתי ספר, תשכ"ט-1969.
לאחר ביצוע המבדק מופק במערכת הממוחשבת מכתב לבעלות, ובו דרישה לתיקון הליקויים. על הבעלות לתקן את הליקויים שנמצאו על פי סדר הקדימויות עד לתאריך הנקוב במכתב. התייחסות הבעלות לכל אחד מהסעיפים תיעשה באופן מקוון במערכת רישוי והכרה באזור תיקון ליקויי חוות דעת/התראות בסעיף "ממתינים לתיקון ליקוי בטיחות". על הבעלות לצרף את האישורים הנדרשים לכל סעיף כקבצים סרוקים. יש לוודא שהאישורים בתוקף. כמו כן יש לצרף התחייבות חתומה של נציג הבעלות, כולל שם ותפקיד.
משרד החינוך בודק את האישורים והתיקונים שבוצעו לכל אחד מהליקויים וקובע את סטטוס הטיפול בכל אחד מהליקויים. אם התגלו ליקויים שלא טופלו כנדרש, נקבע תאריך למעקב לטיפול חוזר בסעיפים שטרם טופלו ונשלח מכתב דרישה לתיקון הליקויים. אם נמצאו ליקויי בטיחות בקדימות 0 או 1 או שהבעלות לא הגיבה לליקוי הבטיחות עד לתאריך שנקבע, אגף הבטיחות יפיק חוות דעת שלילית למוסד. בעקבות זאת אגף רישוי יתחיל בהליך שימוע לפני ביטול או אי-חידוש רישיון.
משרד החינוך הסמיך מספר חברות לצורך עריכת ימי כשירות לעורכי מבדק מוסדות חינוך. כל המידע אודות החברות, המועדים, תוכן ימי הכשירות ועוד נמצא במסמך מידע אודות ימי כשירות לעורכי מבדק מוסדות חינוך.