תוכנית ניצנים שמה דגש על תכנון מוקדם וביצוע עקבי של סדר יום בצהרונים. בבסיסה קיימת ההבנה שתכנון סדר היום בצהרונים מבעוד מועד, ושמירה עליו ברמה יומית, יכולים לקדם אקלים חינוכי מיטבי, המאפשר שגרה נוחה ורגועה יותר לעשייה, וכן לטפח ולשפר את יכולת הצוותים המקצועית והביצועית. סדר היום מאפשר לצוותים לתכנן את מבנה היום בהתאמה להתפתחות הילדים ולתנאים הייחודיים של הצהרונים, יחד עם מענה המותאם לצרכיהם.
התוכנית מקנה לתלמידים:
תכנים חינוכיים, חברתיים וערכיים הכוללים פעילויות תרבות, למידה והעשרה, פעילות הורים וילדים, סיוע בשיעורי הבית ועוד, בדגש על איכות פדגוגית. להרחבה בנושא תכנים פדגוגיים. ראו גם סדר היום בצהרון וחשיבותו - קובץ פעילויות העשרה חינוכיות.
ארוחה חמה, בריאה ומזינה. ראו פירוט בנושא בדף ארוחת צהריים בריאה בפורטל הורים. בנושא אלרגיות ראו הנחיות והבהרות בנושא תלמידים עם אלרגיות בצהרונים.
הפעלת חוגים במגוון תחומים.
הקצבת המשרד לתוכנית תיעשה על פי הדירוג הסוציו-אקונומי של הרשות המעודכן לאותה שנת לימודים במודל של תעריף למשתתף בפועל, ותועבר לרשויות המקומיות המפעילות את התוכנית במסגרת הכללים והקריטריונים המפורטים במסמך קריטריונים לתקצוב רשויות מקומיות בשנת הלימודים תשפ"ג עבור תוכניות ניצנים. על הרשויות המקומיות לעמוד בקריטריונים המפורטים במסמך ובנספחיו.
במסגרת תוכנית ניצנים פועלות מסגרות לימודיות נוספות בשעות אחר הצהריים לגני הילדים הציבוריים ולבתי הספר המתוקצבים על ידי משרד החינוך. התוכנית מיועדת לתלמידי גני ילדים וכיתות א'-ב' (גילי 8-3), ופועלת בימי לימודים חמישה ימים בשבוע עד השעה 16:00. התוכנית מקנה לתלמידים:
תכנים חינוכיים, חברתיים וערכיים הכוללים פעילויות תרבות, למידה והעשרה, פעילות הורים וילדים, סיוע בשיעורי הבית ועוד, בדגש על איכות פדגוגית.
ארוחה חמה, בריאה ומזינה. בנושא אלרגיות ראו הנחיות והבהרות בנושא תלמידים עם אלרגיות בצהרונים.
הפעלת חוגים במגוון תחומים.
הקצבת המשרד לתוכנית תיעשה על פי הדירוג הסוציו-אקונומי של הרשות המעודכן לאותה שנת לימודים במודל של תעריף למשתתף בפועל, ותועבר לרשויות המקומיות המפעילות את התוכנית במסגרת הכללים והקריטריונים המפורטים במסמך קריטריונים לתקצוב רשויות מקומיות בשנת הלימודים תשפ"ג עבור תוכניות ניצנים. על הרשויות המקומיות לעמוד בקריטריונים המפורטים במסמך ובנספחיו.
הרשות תקים ועדת היגוי רשותית בראשות ראש הרשות או מנהל אגף החינוך ברשות. חברי הוועדה יהיו נציגי ההורים, המפקח המתכלל מטעם משרד החינוך, מנהל תוכנית ניצנים במחוז והמנחים הפדגוגיים. גורמים נוספים יצורפו על פי שיקולי הרשות. הוועדה תתכנס לפחות שלוש פעמים בשנה. תפקיד הוועדה הוא לקיים תכנון רשותי של המהלך וללוות את התוכניות במהלך ההפעלה. תוכנית העבודה הרשותית שתגובש תהיה בהתאם למדיניות וליעדי משרד החינוך והרשות, ותאושר על ידי הפיקוח של בתי הספר ומפקחות גני הילדים או מנהל ניצנים ברשות.